Здание вокзала неоднократно перестраивалось. К 1909 году к восточному фасаду деревянного одноэтажного зданию было пристроено 2-ухэтажное кирпичное. В этом же году, в связи с переводом Новониколаевск на полное городовое положение станция была переименована в "Ново-Николаевск".
В 1914-1915 годах была сделана 2-ух этажная пристройка и к западному фасаду первоначального деревянного здания.
В 1925 году состоялся конкурс на новое наименование города Ново-Николаевск, после чего город стал называться Новосибирском. В 30-ых годах весь станционный комплекс был снесён для возведения нового здания вокзала "Новосибирск-Главный".